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Sites thématiques - Omics

Outil de prédiction des régions protéiques à fort potentiel d'agrégation. L'outil permet de comparer différentes protéines ou familles de protéines.
Le portail Biological General Repository for interaction datasets (BioGRID, est un entrepôt interactif de publications et de données couvrant les interactions protéines/gènes, les associations chimiques et les modifications post-traductionnelles issues de plusieurs espèces. Le site fournit de nombreux outils informatiques en ligne.
Développé par l'University College London, CATH est un site de classification des protéines en relation avec leur évolution. Il fournit des informations et données sur leur structure, leurs fonctions, ou les sites conservés.
Le site recense les éléments chimiques et toxiques environnementaux et leur incidence sur la santé. Il fournit des données comparatives de toxico-génomique et des informations sur les interactions "produits chimiques/gènes/protéines", et sur les associations "produits chimiques/pathologies/gènes".
Base de données intégrative de réseaux d'interactions (binaires et complexes) protéiques, génétiques et métaboliques – voies de signalisations, réactions biochimiques, régulations de gènes ou de cibles thérapeutiques. Le site fournit une interface d'analyses de visualisation et de représentation des données. Développé par l'Institut Max Planck for Molecular Genetics.
Développé par l'université de Cologne, CUPSAT est un outil de prédiction de l'évolution de la stabilité des protéines suite à des mutations ou altérations du génome.
Base de données des variations génétiques des polymorphismes nucléotidiques (Single nucleotide polymorphism, SNP), et de leur association à des phénotypes ou maladies héréditaires. Développée par le NCBI en collaboration avec l’Institut américain de recherche sur le génome humain (National Human Genome Research Institute, NHGRI).
DECIPHER (DatabasE of genomiC varIation and Phenotype in Humans using Ensembl Resources) est un navigateur de génome (genome browser), mettant à disposition une base de données interactive intégrant une série d'outils, en particulier d'aide à l'interprétation des variants génomiques dans un contexte pathologique. Le site est développé par l'institut de recherche de génomique "Wellcome Trust Sanger Institute, UK" (Centre Sanger).
DisEMBL est un outil de prédiction en protéomique et génomique structurelle, permettant l'analyse des désordres intrinsèques des protéines.
Ensembl – projet conjoint de l'EMBL-EBI et  du Wellcome Trust Sanger Institute – est un navigateur de génome quasi complet : génomique comparative, évolution, variation de séquence et régulation de la transcription. Le site permet d’annoter les gènes, de calculer des alignements multiples, et  de prédire leurs fonctions régulatrices. Il recueille des données sur les maladies et propose des outils tels BLAST, BLAT, BioMart, Variant Effect Predictor (VEP) pour de nombreuses espèces.
Développée par un consortium européen, ELM est une base de données et un outil d'annotation et de prédiction des sites fonctionnels protéiques.
Développé par l’Institut Suisse de bio-informatique, ExPASy est un portail de ressources donnant accès à de nombreuses bases de données et outils informatiques dans les domaines de la protéomique, de la génomique, transcriptomique, systèmes biologiques, phylogénétique ou génétique des populations. Le site met à disposition une liste importante d'outils interactifs d'analyses et de prédictions dans ces mêmes domaines.
Développé par un consortium de laboratoires, dont l'European Molecular Biology Laboratory (EMBL, Heidelberg), FoldX est un outil de prédiction de la stabilité structurale et fonctionnelle des protéines suite à des mutations ponctuelles.
Créé par le National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS) et l’Institut américain de recherche sur le génome humain – National Human Genome Research Institute, NHGRI –, GARD est un site d'informations dédié aux maladies rares et/ou génétiques qui s'adresse aussi bien aux chercheurs qu’aux cliniciens ou aux patients. Le site fournit une liste de ces maladies par catégorie et de nombreuses indications associées – projets de recherche, essais cliniques, associations de malades.
Cartographie des gènes humains. Créé par le Centre de bio-informatique de l'université Paris Descartes (Paris V), le site fournit des informations sur la structure, l'expression et la fonction des gènes, sur les mutations liées aux pathologies. il permet une recherche "multicritères".
Banque de séquences génomiques du NIH – National Institutes of Heath –  et du NCBI.
Le site intègre en temps réel sur une même interface des outils bio-informatiques d'explorations, d'analyses et de visualisation capables de générer des données multi-omiques, associant un gène et ses variants à une fonction ou une pathologie spécifique.
Développé par le Weizmann Institute of Science (Israël), le site a pour porte d’entrée le gène (gène de prédiction ou connu), et permet d’obtenir des données sur les maladies associées. Il intègre de nombreuses bases de données (génomiques, transcriptomiques, protéomiques, cliniques et fonctionnelles) et des outils d'analyses.
Développé par l'Agence de la biomédecine, Génétique médicale est un site didactique d'information générale sur les notions clés de la génétique pour tous, sur les liens entre génétique et maladies, ou encore sur l'origine et le décryptage de certaines d'entre elles. Ouvert au grand public, il met à disposition un dictionnaire très complet, des vidéos, de nombreux articles et textes de référence.
Ensemble de bases de données et services bio-informatiques dédiés au génome et aux sciences biomédicales, créé par le Kyoto University Bioinformatics Center.
Ressource recensant l’ensemble des informations relatives aux projets de séquençage du génome ou du métagénome, et aux métadonnées qui leur sont associées à travers le monde. Les données peuvent être visualisées par zone géographique et/ou organisme. Le site permet d'enregistrer des métadonnées, d'annoter le génome ou le métagénome grâce à des outils performants, de les publier dans des revues soutenant le libre accès. Développée par Berkeley Lab (Californie).
Le GPP a pour mission de promouvoir le développement des recherches dans le domaine des peptides et des protéines, de favoriser l’échange d’informations au plan national et international, de participer à la formation des jeunes chercheurs et techniciens issus de laboratoire français, en leur octroyant des bourses de congrès et de financement d’échanges inter-laboratoires.
L'Organisation du Génome Humain, ou HUGO est une organisation internationale impliquée dans le projet du génome humain. Elle favorise la collaboration entre les scientifiques travaillant sur le génome dans le monde entier. Le Comité HUGO de Nomenclature du Gène (HGNC) attribue un nom et une abréviation (symbole) uniques à chacun des gènes humains codants, non codants ou pseudogènes.  Le site héberge un réservoir de tous les gènes référencés, les familles de gènes et les ressources qui leur sont associées (liens vers des informations génomiques, protéomiques ou phénotypiques).
La société HGVS a pour mission d'identifier et de caractériser les variations génomiques associées à la clinique. Le site met à disposition toute l'information génomique nécessaire au diagnostic, à l'étude des mécanismes et aux traitements de nombreuses pathologies. Il répertorie par ailleurs une liste intéressante d'outils et de bases de données de mutations génétiques.
Plateforme centralisée intégrant des informations sur l’architecture, les modifications post-traductionnelles, les réseaux d’interactions et les pathologies associées à chaque protéine. Doté d’outils informatiques, le site permet une représentation et une visualisation dynamique des données.
Développé par une équipe de l'Inserm ”Bioinformatics and Genetics ” (Marseille Medical Genetics, Inserm umr1251), le site est dédié aux processus d’épissage alternatif des pré-ARNm, et recense les sites potentiels d’épissage et les mutations introniques ou exoniques capables de les affecter.
Infrastructure nationale en bio-informatique, l'IFB mutualise et coordonne le développement des ressources et des activités de support à la recherche des plateformes de bio-informatique dépendant d’organismes de recherche (CNRS, INRA, INRIA, CEA et INSERM), d'universités, du CIRAD, et des Instituts Pasteur et Curie. Il offre de nombreux services – stockage et mise à disposition de données liées aux sciences du vivant, outils de gestion développés par les plateformes, appui logistique –, et accompagne des projets nécessitant un fort niveau d'expertise au niveau national et international. Par ailleurs, il participe aux innovations méthodologiques dans le domaine de la bio-informatique intégrative. Une liste des laboratoires français ayant une activité en bio-informatique est disponible sur le site. L'IFB est le nœud français de l’infrastructure européenne de bio-informatique ELIXIR (ESFRI).
Développée par Harvard Medical School (Boston), cette base de données, construite à partir de technologies du web sémantique, propose une liste de gènes humains associées à une pathologie, ou à l'inverse une liste de pathologies associées à un gène particulier. Le système permet de générer des listes de gènes permettant leur utilisation dans des expériences de criblage à haut débit ou de création de micropuces à DNA (microarrays), spécifiques d'une pathologie
Les ressources du National Institutes of health, NIH, dans les domaines biomédicales et génomiques.
Ressource didactique, omicX est une méta-base de données explorant et répertoriant près de 4 000 applications et sites web disponibles dans les domaines de la génomique, de l'épigénomique, du transcriptomique, protéomique, métabolique et phénomique.
Développé par l’Institute of Genetic Medicine (Johns Hopkins University School of Medicine, États-Unis), OMIM est un catalogue de référence de gènes humains et d'anomalies génétiques associées à des pathologies, mis à jour quotidiennement. Le site fournit par ailleurs de nombreux liens vers d'autres ressources.
Créé par l’INSERM en 1997 –  puis transformé, grâce à un contrat de la Commission européenne, en un consortium de 40 pays répartis en Europe et à travers le monde –, Orphanet est le portail de référence sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Le portail propose un ensemble de services gratuits en libre accès, en particulier une encyclopédie, un inventaire des maladies rares et des médicaments orphelins, un répertoire de ressources (centres d'experts, essais cliniques ...)  et des recommandations. Le site met aussi à disposition une collection de rapports de synthèse sur des sujets transversaux directement téléchargeables, les Cahiers d’Orphanet, une plateforme de jeux de données, Orphadata, ainsi qu'une ontologie des maladies rares, ORDO, montrant les relations entre les maladies, les gènes et autres caractéristiques, dans un format réutilisable pour des analyses informatiques. Orphanet publie une lettre d’information électronique bimensuelle et gratuite, OrphaNews, présentant un aperçu des actualités scientifiques et politiques sur ces maladies.
PANTHER – Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships – est un système de classification des protéines et de leur(s) gène(s), en fonction des familles ou sous-familles, des fonctions moléculaires, des processus biologiques et de leurs interactions potentielles. Le site fournit des outils bio-informatiques d'analyses de gènes, de polymorphismes nucléotidiques, ou d'annotations de protéines. Développé par le Gene Ontology Consortium.
Développée par le Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, Protein Data Bank (PDB) est une source mondiale de référence en biologie structurale des protéines et des acides nucléiques. Le site permet d'accéder en particulier aux structures tri-dimentionnelles (3D) de protéines d'intérêt pharmaceutique.
Site de visualisation graphique des structures 3D des protéines issues de la Protein Data Bank (PDB), et de leurs interactions avec l'ADN, ligands, drogues, ou enzymes.
Site d’information et d'outils bio-informatiques permettant l’étude des modifications post-traductionnelles des protéines, incluant les sites de phosphorylations, acétylations, ou méthylations chez l'homme et la souris.
PRABI est un réseau de plateformes bio-informatiques (Centre bioinformatique Rhône-Alpes).  Le portail donne accès à différents sites, proposant de nombreux services en ligne, bases de données, outils bio-informatiques d'analyses et de prédictions, et logiciels téléchargeables – comme CpGProD, programme de prédiction des promoteurs associés aux îlots CpGs, http://doua.prabi.fr/software/cpgprod) dans les domaines de la génomique, protéomique et transcriptomique.
Outil de prédiction de l'impact d'une substitution d'acide aminé sur la fonction et la structure d'une protéine, développé par le Harvard Institute (Cambridge, États-Unis)
PONDR est un outil de prédiction des régions désordonnées naturelles des protéines.
Prosite est une base de données bio-informatique fournissant des informations sur les familles de protéines, leurs domaines et sites fonctionnels.
Développée par  la National Biomedical Research Foundation (Université de Georgetown, États-Unis), PIR est un portail de ressources et banques de données bio-informatiques de référence dans les domaines de la protéomique, génomique et des systèmes biologiques. Le portail centralise et permet l'accès à de nombreux sites dont UniProt, mais aussi des sites d'ontologie en protéomique – PRO–, des sites portant sur les systèmes biologiques et les modifications post-traductionnelles iPTMnet –,  ou encore intégrant des outils de fouille de textes (text mining tools). Ces derniers permettent d'explorer toute une collection de données issues de la littérature scientifique  iProLINK, Integrated Protein Literature, Information and Knowledge.
Développé par le J. Craig Venter Institute (JCVI) spécialisé dans la génomique et la bio-informatique, Provean est un outil de prédiction de modifications fonctionnelles de protéines après substitutions d'acides aminés.
Base de données interactive des enzymes de restriction et des ADN méthyltransférases, permettant d'identifier les sites de reconnaissance ou de clivage, les séquences et les structures. De nombreux outils sont mis à disposition.
Banque de séquences génomiques, transcrits et protéines, développée par le National Center for Biotechnology Information – NCBI.
RestrictionMapper établit des cartes des sites de restriction des endonucléases, permettant d’'identifier des sites de clivage des ADNs à la fois linéaires ou circulaires.
Le site permet de prédire si la substitution d'un acide aminé affecte la fonction de la protéine.
Développée par l'université de California, SFLD est une banque de données des relations séquence/structure/fonction des protéines, donnant des informations sur
Développé par l'European Molecular Biology Laboratory (Heidelberg), Tango est un outil de prédiction des désordres intrinsèques des protéines, et en particulier des régions protéiques à fort potentiel d'agrégation dans les maladies amyloïdes.  
Le portail permet d'explorer les annotations et mutations de gènes associées à de nombreux types de cancers. Développé par le Broad Institute of MITMassachusetts Institute of Technology – and Harvard.
Navigateur de génome développé par le département Genome Bioinformatics Group, au sein de l'Institut Génomique de l'université de Californie Santa Cruz (UCSC). Le site propose en outre de nombreux outils de visualisation et d'analyses.
UniProtKB, ressource en protéomique sur la séquence, la structure et la fonction des protéines.
Développé par une équipe Inserm (Inserm UMR-S910), le site propose un logiciel d'analyse interactif, UMD (Universal Mutation Database),  permettant d'une part de collecter des données génotypiques et phénotypiques, d'autre part de créer de nouvelles bases de données loci spécifiques et dynamiques (LSDB). De nombreux outils d'analyse sont mis à disposition des cliniciens – corrélations génotype/phénotype... –, des généticiens et chercheurs – distribution et fréquence des mutations, domaines structuraux, épidémiologie moléculaire. De nombreuses bases de données UMD sont des références internationales validées par des experts quant aux gènes impliqués dans les cancers et/ou maladies génétiques.
Waltz est un outil de prédiction des régions amylogéniques des séquences protéiques.
Le navigateur permet l'exploration et l'analyse interactives des données génomiques fonctionnelles du cancer. Développé par l'Institut Génomique de l'université de Californie Santa Cruz UCSC.